Le commerce extérieur occupe une place considérable dans l'économie équato-guinéenne, avec un volume représentant environ 90 % du produit intérieur brut en 2020 selon la Banque mondiale. Les exportations reposent presque intégralement sur les hydrocarbures, tandis que les importations couvrent une large part des besoins en biens de consommation, en équipements et en produits alimentaires.
Les données commerciales disponibles pour 2020 placent le Nigeria, l'Espagne, la Chine, les États-Unis et le Brésil parmi les premiers fournisseurs. Les postes d'importation les plus importants concernent les navires et matériels flottants, les machines, les produits sidérurgiques, les équipements électriques, les boissons et les viandes. L'Espagne conserve une position notable, favorisée par la langue et par les liens historiques.
Le pays applique le tarif extérieur commun de la Communauté économique et monétaire de l'Afrique centrale ainsi que la taxe sur la valeur ajoutée harmonisée. Les marchandises originaires des autres États membres circulent en principe en franchise de droits sous couvert des documents communautaires. Les opérations d'importation font l'objet d'une domiciliation bancaire au titre de la réglementation des changes de la zone.
Les flux transitent principalement par le port de Malabo, sur l'île de Bioko, et par celui de Bata, sur la côte continentale, complétés par le port en eau profonde de Luba tourné vers les services pétroliers. Les aéroports internationaux de Malabo et de Bata assurent le fret aérien. La séparation physique entre la région insulaire et la région continentale impose une double logistique pour couvrir l'ensemble du marché national.
Les opérations reposent sur les documents usuels du commerce international, facture commerciale, liste de colisage, certificat d'origine et titre de transport, auxquels s'ajoutent selon les produits des certificats sanitaires ou phytosanitaires. Le crédit documentaire reste un instrument fréquent pour sécuriser les paiements. Les délais de dédouanement varient et les organisations internationales relèvent une prévisibilité administrative inégale, ce qui conduit de nombreux opérateurs à recourir à un transitaire local.