La Guinée équatoriale couvre 28 051 kilomètres carrés, ce qui en fait l'un des plus petits États du continent africain. Son territoire se répartit entre une partie continentale, le Rio Muni, et une partie insulaire dispersée dans le golfe de Guinée. Cette double nature géographique constitue la principale singularité du pays et explique la dispersion de ses pôles urbains.
Le Rio Muni s'étend sur la façade atlantique de l'Afrique centrale et concentre l'essentiel de la superficie nationale. Il partage ses frontières terrestres avec le Cameroun au nord et avec le Gabon à l'est et au sud. Bata, sur la côte, y tient le rôle de principale ville et de port de commerce.
La région insulaire réunit Bioko, Annobón, Corisco ainsi que Grand Elobey et Petit Elobey. Bioko, située face aux côtes camerounaises, abrite Malabo et culmine au Pico Basilé, point le plus élevé du pays avec un peu plus de 3 000 mètres. Son relief volcanique et ses versants forestiers tranchent avec les plaines littorales du continent.
Annobón, la plus méridionale, se trouve à plusieurs centaines de kilomètres au sud-ouest du reste du territoire, ce qui lui vaut un isolement marqué. Corisco et les îlots Elobey, plus modestes, ferment l'estuaire du Rio Muni à proximité de la frontière gabonaise.
La partie continentale se compose d'une étroite plaine côtière qui laisse place, vers l'intérieur, à des plateaux et à des massifs atteignant environ 1 200 mètres dans les monts de Cristal. La forêt équatoriale dense recouvre une large part du pays et abrite une biodiversité que plusieurs aires protégées cherchent à préserver, dont le parc national de Monte Alén.
Le réseau hydrographique s'organise autour du fleuve Mbini, également appelé Benito, qui traverse le Rio Muni d'est en ouest, et du Ntem, qui matérialise une partie de la frontière septentrionale. Ces cours d'eau restent difficilement navigables sur de longues distances en raison de leurs rapides.
Un décret publié en janvier 2026 a fait de Ciudad de la Paz, ville nouvelle bâtie au cœur de la forêt dans la province de Djibloho, la capitale du pays à la place de Malabo. Ce choix traduit une volonté affichée de rééquilibrage entre l'île de Bioko et l'intérieur continental, alors que les deux principales agglomérations restent aujourd'hui Malabo et Bata.