La Guinée équatoriale se divise en une région insulaire et une région continentale. La première réunit Bioko, Annobón, Corisco et les îlots Elobey. La seconde correspond au Rio Muni, bloc continental bordé par le Cameroun au nord et par le Gabon à l'est et au sud. Cette organisation binaire structure l'administration, les transports et la répartition de la population.
Le pays compte huit provinces, elles-mêmes subdivisées en districts et en municipalités. La région insulaire regroupe Bioko Norte, où se trouve Malabo, Bioko Sur, dont le chef-lieu est Luba, et Annobón, administrée depuis San Antonio de Palé. La région continentale réunit Litoral, avec Bata, Kié Ntem, avec Ebebiyín, Centro Sur, avec Evinayong, Wele Nzas, avec Mongomo, et Djibloho, créée en 2017 autour de Ciudad de la Paz.
Malabo, installée sur la côte nord de Bioko, a exercé la fonction de capitale pendant plusieurs décennies. Elle concentre l'aéroport international, une partie des institutions et les installations gazières de Punta Europa. Luba, sur la côte occidentale de l'île, dispose d'un port en eau profonde tourné vers les services pétroliers.
Bata constitue la principale agglomération du continent et le premier port de commerce du pays. Elle accueille une université, un aéroport et un ensemble d'équipements sportifs utilisés lors des compétitions continentales. Ebebiyín, proche de la triple frontière avec le Cameroun et le Gabon, joue un rôle commercial notable, tandis que Mongomo et Evinayong structurent l'intérieur forestier.
Ciudad de la Paz, longtemps désignée sous le nom d'Oyala, a été édifiée dans la forêt de la province de Djibloho. Un décret publié en janvier 2026 lui a conféré le statut de capitale du pays et a prévu un délai d'un an pour le transfert effectif des institutions. Les autorités présentent ce projet comme un instrument de rééquilibrage territorial entre l'île de Bioko et l'intérieur du continent.