L'avion constitue le principal moyen d'accès à la Guinée équatoriale. Le pays compte sept aéroports, dont deux concentrent l'essentiel du trafic, l'un sur l'île de Bioko et l'autre sur la façade continentale. La géographie du territoire, partagé entre plusieurs îles et une région continentale séparée par 160 kilomètres d'océan, rend le transport aérien incontournable, aussi bien pour arriver dans le pays que pour circuler d'une province à l'autre.
L'aéroport de Malabo, codé SSG, se situe à Punta Europa, à une dizaine de kilomètres à l'est de la capitale, sur l'île de Bioko. Il rassemble les vols long-courriers et la majorité des liaisons régionales. Les voyageurs venus d'Europe y arrivent depuis Paris, Madrid, Francfort ou Casablanca, selon les compagnies et les saisons. Le terminal reste de taille modeste et les formalités de police y sont systématiques, à l'arrivée comme au départ.
Sur le continent, l'aéroport de Bata, codé BSG, se trouve à quelques kilomètres au nord de la ville. Il accueille surtout la navette intérieure vers Malabo ainsi que quelques dessertes régionales, notamment vers Libreville. Plus à l'est, l'aéroport international de Mengomeyén sert la région de Mongomo et la ville administrative de Djibloho. Annobón et Corisco disposent également de pistes, avec des rotations rares et sujettes à modification.
Ceiba Intercontinental, la compagnie nationale fondée en 2007, assure la liaison entre Malabo et Bata ainsi que des vols régionaux. Cronos Airlines opère elle aussi la navette intérieure et rejoint Douala. Plusieurs transporteurs étrangers complètent l'offre, parmi lesquels Air France, Lufthansa, Royal Air Maroc, Ethiopian Airlines, ASKY Airlines, Afrijet et Plus Ultra. L'éventail des destinations évolue souvent, et seule la vérification auprès de la compagnie au moment de la réservation donne une information fiable.
Le trajet entre Malabo et Bata dure une trentaine de minutes et se répète plusieurs fois par jour. Cette navette forme l'ossature des déplacements nationaux, la voie maritime étant plus lente et dépendante de l'état de la mer. Les tarifs restent élevés au regard de la distance parcourue, ce qui tient au faible volume de trafic et au coût général des services dans le pays.