Le système éducatif de la Guinée équatoriale porte l'empreinte de la période espagnole, dont il a conservé l'organisation générale et la langue d'enseignement. La scolarisation primaire s'est nettement étendue depuis les années 2000, grâce aux investissements financés par la rente pétrolière, mais la qualité de l'encadrement et l'accès aux niveaux supérieurs demeurent inégaux entre l'île de Bioko, les villes du continent et les zones rurales du Rio Muni.
Le parcours s'ouvre par un cycle préscolaire, suivi d'un enseignement primaire obligatoire de 6 années. Vient ensuite un premier cycle secondaire, puis un baccalauréat qui ouvre l'accès à l'université ou aux filières professionnelles. Le calendrier scolaire s'étend d'octobre à juin, dans une organisation proche du modèle espagnol. L'enseignement public coexiste avec un secteur privé souvent confessionnel, particulièrement présent à Malabo et à Bata.
L'espagnol est la langue de la classe à tous les niveaux et la grande majorité de la population le pratique, situation unique en Afrique subsaharienne. Le français et le portugais sont également langues officielles du pays, le premier depuis l'adhésion aux institutions d'Afrique centrale, le second depuis 2011. Le français fait l'objet d'un enseignement dans le secondaire, tandis que les langues nationales, fang, bubi ou annobonais, restent avant tout des langues d'usage familial.
L'Université nationale de Guinée équatoriale, créée au milieu des années 1990, constitue l'établissement public de référence, avec des campus à Malabo et à Bata et des facultés couvrant la santé, les sciences, le droit et les lettres. Un centre associé à l'université espagnole d'enseignement à distance complète cette offre. Des établissements plus récents ont vu le jour dans la ville administrative de Djibloho. Beaucoup d'étudiants poursuivent néanmoins leur cursus à l'étranger, en Espagne, au Maroc ou dans les pays voisins.
Les familles étrangères installées à Malabo disposent de quelques écoles internationales et d'établissements espagnols, dont les effectifs sont limités et les frais élevés. L'absence de lycée français homologué conduit certaines familles à recourir à l'enseignement à distance ou à scolariser leurs enfants dans un pays voisin. Une inscription anticipée s'avère nécessaire, les places disponibles étant peu nombreuses à chaque rentrée.