Un séjour en Guinée équatoriale demande une préparation sanitaire sérieuse et une vigilance ordinaire en matière de sécurité. Le pays se situe en zone intertropicale humide, avec les risques infectieux qui s'y attachent, et son offre de soins reste limitée en dehors de Malabo et de Bata. Les conseils aux voyageurs publiés par le ministère français des Affaires étrangères font foi en la matière.
La vaccination contre la fièvre jaune est exigée à l'entrée sur le territoire et le certificat international est contrôlé à l'aéroport comme aux postes frontières. Elle se pratique dans un centre agréé au moins 10 jours avant le voyage. Les médecins recommandent en complément la mise à jour des vaccins usuels, ainsi que ceux contre les hépatites A et B, la typhoïde et la méningite selon la durée et la nature du séjour.
Le paludisme est présent toute l'année sur l'ensemble du territoire, y compris en ville. Un traitement préventif adapté, associé à une protection contre les moustiques, réduit fortement le risque. Les maladies transmises par l'eau et les aliments constituent le second motif de consultation des voyageurs, ce qui justifie de s'en tenir à l'eau en bouteille capsulée et aux aliments bien cuits. Des cas de dengue et de chikungunya sont également signalés dans la région.
Les structures hospitalières les mieux équipées se trouvent à Malabo et à Bata, avec quelques établissements récents de bon niveau. Le reste du pays dispose de dispensaires aux moyens réduits. Les pharmacies des grandes villes sont correctement approvisionnées, mais un traitement personnel emporté en quantité suffisante évite les ruptures. Une assurance couvrant le rapatriement sanitaire est indispensable, les cas graves étant généralement évacués vers l'Europe ou l'Afrique du Sud.
Les autorités françaises signalent une hausse de la petite délinquance à Malabo et à Bata, avec des vols à l'arraché et des agressions occasionnelles, en particulier la nuit et dans certains quartiers périphériques. La prudence habituelle des grandes villes africaines s'applique, notamment le choix de taxis identifiés et la discrétion sur les objets de valeur. La circulation nocturne hors agglomération est déconseillée.
Les contrôles d'identité sont fréquents, sur la voie publique comme sur les axes routiers, et la présentation de documents en règle suffit généralement à les régler sans difficulté. La photographie des bâtiments officiels, des installations portuaires et aéroportuaires, des casernes et des sites pétroliers est interdite sans autorisation formelle, et cette règle est appliquée strictement. Enfin, la piraterie maritime dans le golfe de Guinée conduit les autorités à privilégier l'avion sur les liaisons entre l'île et le continent.