Se déplacer en Guinée équatoriale suppose de composer avec une géographie éclatée. Le pays réunit une région continentale, le Rio Muni, et plusieurs îles dont la principale, Bioko, abrite la capitale à 160 kilomètres au large. Aucune infrastructure ferroviaire n'existe, si bien que les déplacements reposent entièrement sur l'avion, la route et, dans une moindre mesure, la mer.
La navette aérienne entre Malabo et Bata constitue l'axe central des déplacements nationaux. Le trajet dure une trentaine de minutes et plusieurs rotations quotidiennes sont assurées par Ceiba Intercontinental et Cronos Airlines. Les billets s'achètent en agence ou à l'aéroport, les réservations en ligne restant peu développées. Des liaisons plus rares desservent Mengomeyén, Annobón et Corisco, avec des programmes susceptibles de changer sans préavis.
Des ferries et des navires rapides relient périodiquement Malabo à Bata, pour une traversée de plusieurs heures. Ce mode de transport intéresse surtout le fret et les voyageurs disposant de temps. Les autorités françaises recommandent de privilégier l'avion en raison des risques de piraterie dans le golfe de Guinée et de la régularité incertaine des rotations. Des embarcations locales assurent par ailleurs le passage de l'estuaire du Muni, entre Cogo et Acalayong, à la frontière gabonaise.
Dans les villes, le taxi partagé constitue le mode de transport dominant. Le véhicule prend plusieurs clients allant dans la même direction et le prix de la course se convient avant le départ. Un réseau de bus urbains organisé n'existe pas réellement. Entre les villes du continent, des minibus et des berlines collectives partent au remplissage depuis les abords des marchés, sans horaire fixe.
Quelques agences de location opèrent à Malabo et à Bata, souvent avec chauffeur, formule qui simplifie les contrôles routiers et le stationnement. La conduite s'effectue à droite et le permis international est demandé. Les grands axes bitumés du continent sont en bon état, tandis que les pistes secondaires se dégradent en saison des pluies. Des postes de contrôle jalonnent les routes et la circulation nocturne hors agglomération est déconseillée.